Гаага была основана в 1230 году, когда граф Флорис IV Голландии построил малый замок на месте где теперь находится город. В 1248 году, граф Вильгельм II Голландии, который и стал Римским Королём, начал строить новый, более подходящий замок на берег дюнного озера, нынешнего «Дворцового Пруда» (нидерл. Hofvijver). После смерти Вильгельма, его сын Флорис V закончил построение замка, называемого Рыцарского Зала (нидерл. Ridderzaal), который был наряжён позолоченной крышей и двумя башнями.

Рыцарский Зал был укреплён, но окружающая деревня не получил городские права, несмотря на то, что Гаага была резиденцией голландских графов. Большие города Голландии препятствовали что Гаага стала городом-крепостью и поэтому во время Восьмидесятилетней войны город почти совсем обезлюдел. Гаага служила испанской штаб-квартирой во время осады Лейдена.

В 1400 году Гаага имела уже несколько тысяч жителей и более походила на город, нежели на деревню. В эти времена, однако, у городов было в большой степени самоуправление, и графы Голландии и их последники предпочитали сами держать их резиденцию. С 1581 года, в Гааге находился высший орган правительства Республики семи Соединнённых провинций, Генеральные штаты (нидерл. Staten-Generaal).

В XVII Веке население Гааги увеличилось до 16 000 жителей. В том же веке принц Мауриц построил обводный канал вокруг города, в качестве начала настоящих крепостей, но такие крепости никогда не были построены. В конце XVIII Векa население выросло до 40 000 жителей, вследствие чего «деревня» стала третьем по величине поселением в Голландии (после Амстердама и Роттердама).

Из-за того, что в Гааге находились дворец статхаудера, Генеральные штаты и много иностранных послов и аристократов, город был гораздо более «аристократическим» по сравнению с другими нидерландскими городами. Существовал огромный контраст между элегантным районом вокруг Рыцарского Зала и рабочими районами Гааги.

Только в 1806 году, под французским правлением, Гаага наконец получила городские права. В этом веке, однако, городские стены считались скорее стеснением, нежели выгодой, и крепости и тогда не построили. Город мог значительно расшириться.

После 1850 года, когда в Гааге жили уже больше 70 000 человек, город стал расшириться вне обводного канала XVII века. Около 1870 население перешло 100 000 и в начале XX века уже 200 000. К югу от исторического центра города сложились плотнонаселённые рабочие районы, между тем, как на «дюнной» стороне города, к северу от центра, построили новые районы для более состоятельных граждан. Разница между теми, кто живёт на «песках» и теми, кто живёт на «торфе» существует, пусть в меньшей степени, и до сегодня.

В 1899 году состоялась Гаагская конференция сторонников мира, приводящая к учреждению Интернационального суда арбитража, расположенная в Гааге. Американский магнат Эндрю Карнеги подарил 1,5 миллиона долларов для построения «Дворца Мира», резиденция суда.

В самом конце Второй мировой войны, 3 марта 1945, произошла огромная катастрофа. Британские лётчики по ошибке подвергли бомбардировке район Безёйденхаут (нидерл. Bezuidenhout), погибло около 500 человек.

В XX веке Гаага всё ещё расширилась, аннексируя окружающие территории. Первой жертвой являлась деревня Лоосдёйнен (нидерл. Loosduinen), в 1923 году. В 2002 году большие части муниципалитетов Лейдсендам (нидерл. Leidschendam), Форбург (нидерл. Voorburg) и Рейсвейк (нидерл. Rijswijk) были привавлены к Гаагской территории.