Кёльн, являвшийся частью городского образования Берлин-Кёльн и расположенный на острове на реке Шпрее впервые упоминанается в 1237 году. Уже в 1244 последующий рост Берлина, и поселение жителей на северном берегу Шпрее привели к объединению населённых пунктов. В 1307 году оба города построили одну общую ратушу. Собственно наименование «Берлин» (немецкое «Bär» — медведь) не имеет ничего общего с медведем, изображённым на сегодняшнем гербе города. Скорее всего это слово восходит к славянскому (berl): болото.

В 1415 году курфюрст Фридрих I. основал маркграфство Бранденбург и правил в нём до 1440. С этого времени члены династии Гогенцоллернов правили в Берлине вплоть до 1918 года, сначала как маркграфы земли Бранденбург, потом как короли пруссов и наконец как германские императоры (кайзеры). Городские жители изменения власти приветствовали не всегда. Например в 1448 году упоминаются городские волнения против строительства замка курфюрстом Фридрихом II. «Железным». Однако этот протест не увенчался успехом, а население, в свою очередь, лишилось многих экономических и политических свобод. В 1451 Берлин был провозглашён городом-резиденцией бранденбургских маркграфов и курфюрстов и утратил свой статус свободного торгового города.

Тридцатилетняя война (между 1618 и 1648) сильно сказалась на городе: была разрушена треть домов, город потерял половину жителей. Фридрих Вильгельм, известный как Великий курфюрст Брандербургский, в 1640 принял правление от своего отца. Его политика характеризовалась стимулированием иммиграции и высокой степенью религиозной толерантности. Уже на второй год своего правления он основал пригороды Фридрихсвердер, Доротеенштадт und Фридрихштадт. В 1671 им было дано убежище 50 еврейским семьям из Австрии. Потсдамским эдиктом 1685 года он пригласил в Бранденбург французских гугенотов. Приехало более 15000 французов, из них 6000 осели в Берлине. Около 1700 года уже 20 процентов жителей Берлина составляли французы, и культурное влияние Франции было огромным. Также в городе уже было много иммигрантов из Богемии, Польши и Зальцбурга. В 1701 году в результате коронации Фридриха I. Берлин приобрёл статус столицы Пруссии. В 1709 году последовало объединение городов Берлин, Кельн, Фридрихсвердер, Доротеенштадт и Фридрихштадт. Но фактически уже давно эти пригороды считались частью Берлина. К 1861 Берлин приобрёл новые пригороды, такие как Веддинг, Моабит, Темпельхоф, Шенеберг. В 1871 Берлин был провозглашён столицей образованного Германского рейха (империи).

По окончании Первой мировой войны в 1918 в Берлине была провозглашена германская республика. В 1920 последовал закон об основании Большого Берлина (Groß-Berlin-Gesetz), объединивший многие городки, земельные владения и округа вокруг Берлина. После этого в Берлине стало насчитываться более 4 миллионов жителей.

После захвата власти в 1933 году национал-социалистами Берлин стал столицей Третьего Рейха. Нацисты в пропагандистских целях организовали в 1936 году в Берлине всемирные летние олимпийские игры. Был генеральный план застройки Берлина, с учётом его будущей роли всемирной столицы Германии. Но эти планы были разрушены Второй мировой войной.

Во время войны и после её окончания большая часть Берлина была разрушена в результате многочисленных бомбардировок и уличных боёв 1945 года. После захвата города Красной армией и капитуляции Германии, Берлин, как и вся Германия, был разделён на 4 сектора под иностранным управлением. Секторы Западных союзников (США, Великобритания и Франция) были образованы в западной части города, а сектор Советского союза — в восточной. Политическое противостояние Западных союзников и Советского союза привело в 1948/49 гг. к экономической блокаде Западного Берлина, из-за чего западными союзниками был организован так называемый воздушный мост для снабжения города.

С образованием ФРГ на западе Германии и ГДР на востоке — обе в 1949 году — произошло обострение Холодной войны, в том числе и на территории Берлина. В то время, как ФРГ основало новую столицу в городе Бонн, ГДР свою столицу основало в Восточном Берлине. Конфликт между Востоком и Западом на территории Берлина вылился в строительство Берлинской стены (Berliner Mauer), возведённой по инициативе советской ГДР 13 августа 1961. Восточный Берлин и Западный Берлин были настолько полностью отделены друг от друга, что переход граждан с одной территории на другую был возможен только через соответствующие контрольно-пропускные пункты.

Берлинская стена пала только в 1989 году, под давлением населения ГДР, и произошло это на фоне общего ослабления Советского Союза. Уже в 1990 году оба немецких государства были объединены в одно — Федеративную Республику Германия — и по договору объединения Берлину должен был вернуться статус столицы единого государства. В 1991 бундестаг подвёл итог открытой общественной дискуссии о местонахождения правительства Германии. 1 сентября 1999 правительство и парламент Германии начали свою работу уже в Берлине.